Эльдар Ниханов родился в 1985 году и является гражданином Республики Казахстан.

Эльдар Ниханов окончил Национальный Исследовательский Томский политехнический университет, физико-технический институт по специальности «Безопасность и нераспространение ядерных материалов», а также Национальный исследовательский ядерный университет «Московский инженерно-физический институт» по специальности «Безопасное обращение с ядерными материалами».

Трудовую деятельность начал в 2011 году в АО «НАК «Казатомпром», занимал различные должности, в том числе, специалиста, менеджера, главного менеджера, начальника отдела, главного эксперта Департамента безопасности (Департамента физической и ядерной безопасности).

В настоящее время является директором Департамента безопасности АО «НАК «Казатомпром».